Verkenning van de toepassingsmogelijkheden van MinION sequencing

De uitdagingen op het gebied van microbiologische waterkwaliteit liggen (i) op het verbeteren van deze waterkwaliteit bij een deel van de productielocaties en (ii) op het ontwikkelen van efficiënte strategieën voor het monitoren van zuiveringsprocessen en de kwaliteit van het geproduceerde en gedistribueerde drinkwater. De huidige parameters geven vaak slechts beperkt inzicht in het optreden van eventuele kwaliteitsveranderingen. Verbeteren en optimalisatie van meetstrategieën geeft de mogelijkheid om beter en efficiënter inzicht te krijgen in (veranderingen van) de microbiologische waterkwaliteit.
Een belangrijke technologische ontwikkeling op het gebied van nieuwe microbiologische methoden is de toepassing van Next Generation Sequencing (NGS). Met deze technologie is de identificatie van vrijwel de gehele microbiologische bacteriegemeenschap (“Microbial profiling”) in het (drink)water mogelijk door sequencing van het 16S rRNA marker gen Met deze informatie kan inzicht worden verkregen in (i) de microbiologische processen in het drinkwatersysteem en de eventuele (ongewenste) veranderingen die daarbij optreden, van bron tot tap en (ii) veranderingen van waterkwaliteit door externe microbiologische besmettingen (bv fecaal- of bodemmateriaal). Met NGS komen mogelijkheden beschikbaar om beter inzicht te verkrijgen in de zuiveringsprocessen en de drinkwaterkwaliteit. Zoals ook is vastgesteld in de impactstudie “opkomende DNA technieken”

Het doel van dit verkennend onderzoek is: Inzicht krijgen in de toepassingsmogelijkheden van MinION sequencing voor drinkwateronderzoek:
– Voor “Microbial Profiling” van bacteriële populaties. – Voor “Metagenomics” om inzicht te krijgen in: – De samenstelling van de aanwezige microbiologische populaties en hun genen in water. – Voor het onderzoek naar het voorkomen van antibiotica resistentiegenen (AMR genen).
Om inzicht te krijgen in de toepassingsmogelijkheden van MinION sequencing is er gekozen om dit onderzoek te beperken tot het gebruik van de laboratoriumprotocollen van Oxford- Nanopore en het gebruik van de bioinformatica software die Oxford- Nanopore voor deze analyses aanbiedt.